สภาคริสตจักรลูเธอร์แรนในประเทศไทยเกิดจากพันธกิจของมิชชั่นลูเธอร์แรนในประเทศไทย (ค.ศ. 1976-1994) ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของประวัติศาสตร์การขยายงานของคริสตจักรลูเธอร์แรนในเอเชีย (ค.ศ. 1706)
“เหตุฉะนั้นเจ้าทั้งหลายจงออกไปสั่งสอนชนทุกชาติ ให้เป็นสาวกของเรา ให้รับบัพติศมาในพระนามแห่งพระบิดา พระบุตร และพระวิญญาณบริสุทธิ์ สอนเขาให้ถือรักษาสิ่งสารพัดซึ่งเราได้สั่งพวกเจ้าไว้ นี่แหละ เราจะอยู่กับเจ้าทั้งหลายเสมอไป
พันธกิจกับการประกาศของมิชชั่นลูเธอร์แรน ได้นำไปสู่การก่อตั้งคริสตจักรลูเธอร์แรนแห่งแรก
คือ คริสตจักรสันติธรรมลูเธอร์แรน ในปี ค.ศ. 1977 และในปีเดียวกัน คริสตจักรลูเธอร์แรนแห่งที่สองได้ถือกำเนิดขึ้น
คือ คริสตจักรอิมมานูเอลลูเธอร์แรน (คริสตจักรกล้วยน้ำไทเดิม)
เป้าหมายของมิชชั่นลูเธอร์แรน นั่นคือ “การนำข่าวประเสริฐของพระเยซูคริสต์ไปสู่ปวงชนชาวไทย
โดยการประกาศ พันธกิจการบริการ ก่อตั้งคริสตจักรท้องถิ่นไปยังสถานที่ต่างๆของประเทศไทย
และตั้งเป็นสภาคริสตจักรลูเธอร์แรนในประเทศไทย”
ค.ศ. 1981 โครงการอบรมศาสนศาสตร์ลูเธอร์แรนได้เกิดขึ้นและในเวลาต่อมาปี ค.ศ. 1986
ได้เปลี่ยนชื่อเป็นสถาบันศาสนศาสตร์ลูเธอร์แรน และได้เข้าร่วมเป็นสมาชิกสถาบันศาสนศาสตร์ในประเทศไทยในปี
ค.ศ. 1988 ค.ศ. 1982 พันธกิจการประกาศตามรายการวิทยุได้เริ่มต้นขึ้น ซึ่งเรียกว่า “สื่อสารมวลชนลูเธอร์แรน”
ซึ่งในเวลาต่อมามีผู้ฟังรายการกว่าสามพันคน และมีการตอบจดหมายของผู้ฟังรายการกว่าสองพันคน
(ปัจจุบันได้ยุติพันธกิจนี้เข้าเป็นส่วนหนึ่งของพระคริสตธรรมลูเธอร์แรน)
ค.ศ. 1985 องค์กรค์มิชชั่นลูเธอร์แรนได้เริ่มต้นขยายออกไปยังภาคตะวันออกเฉียงเหนือของประเทศไทย
โดยเริ่มต้นที่จังหวัดอุบลราชธานี ค.ศ. 1987 พันธกิจคริสเตียนบริการได้ถือกำเนิดขึ้นเพื่อช่วยเหลือผู้หญิงที่ตั้งภรรค์
ไม่พึงประสงค์ ต่อมาได้เปลี่ยนชื่อเป็นแผนกคริสเตียนสงเคราะห์ และต่อมาได้มีโครงการสนับสนุนทุนการศึกษา
และหอพักนักเรียนในปี ค.ศ. 1990 ณ อ. พิบูลมังสาหาร จ. อุบลราชธานี
ค.ศ. 1988 การสถาปณาศาสนาจารย์
ของคริสตจักรลูเธอร์แรนครั้งแรกได้เกิดขึ้น
โดยมีผู้ที่ได้รับการสถาปณาทั้งหมด 4 ท่านด้วยกัน
1. ศจ. สมปอง หาญประดิษฐ์
2. ศจ. ทวีป อ้อยหวาน
3. ศจ. พงษ์ศักดิ์ ลิ่มทองวิรัช
4. ศจ. สุข ปรัชญาภรณ์
ค.ศ. 1989 พันธกิจแห่งการประกาศพระกิตติคุณในต่างแดน โดยเฉพาะกับคนไทยที่ทำงานในต่างแดนได้เริ่มต้นขึ้น
โดยความร่วมมือกับสภาคริสตจักรลูเธอร์แรนแห่งมาเลเซียและสิงคโปร์ ซึ่งต่อมาเรียกพันธกิจนี้ว่า
“บ้านข่าวดีไทย” ซึ่งตั้งอยู่ที่ประเทศสิงคโปร์ และในปีเดียวกัน การวางศิลารากในการก่อสร้างอาคารสำนักงานมิชชั่นลูเธอร์แรนได้เกิดขึ้น
ค.ศ. 1991 องค์กรมิชชั่นลูเธอร์แรนในประเทศไทยได้จัดพิธีเฉลิมฉลองครบรอบ 15 ปี
ในการทำพันธกิจในประเทศไทยรวมไปถึงการทำพิธีถวายอาคารสำนักงานใหม่ ของมิชชั่นลูเธอร์แรนและสถาบันศาสนศาสตร์ลูเธอร์แรน (ต่อมาใช้เป็นที่ทำการสำนักงานสภาคริสตจักรลูเธอร์แรนในปัจจุบัน)